胡惟庸黨案的真相，到底如何，即明人亦未深知，這原因大概是由於胡黨事起時，法令嚴峻，著述家多不敢記載此事。到了事過境遷以後，實在情形已被淹沒，後來的史家隻能專憑《實錄》，所以大體均屬相同。他事有不見於《實錄》的，便隻能閉戶造車，因訛傳訛，所以極多矛盾的同時記載。正因為這許多記載之曖昧矛盾，所以當時人便有懷疑它的。鄭曉以為：“國初李太師、胡丞相、藍國公諸獄未可知。”(13)王世貞是明代的一個偉大精核的史學家，他的話應該可信了，他說：
胡惟庸謀逆，陰約日本國貢使以精兵裝巨舶，約是日行弑，即大掠庫藏，泛舟大海，事泄伏誅。上後卻日本之貢以此。(14)
他的兒子王士騏卻不惜反對他的話，對這事件深為致疑，他以為：
按是年（十三年）誅丞相胡惟庸，廷臣訊辭第雲使林賢下海招倭軍，約期來會而已。不至如野史所載，亦不見有絕倭之詔。本年日本兩貢無表，又其將軍奉丞相書辭意倨慢，故詔諭之。中雲：“前年浮辭生釁，今年人來匪誠。”不及通胡惟庸事，何耶？近年勘嚴世蕃亦雲交通倭虜，潛謀叛逆，國史謂尋端殺之，非正法也。胡惟庸之通倭，恐亦類此。(15)
由此可見這事件的可信程度正如徐階所授意的嚴世蕃獄詞一樣。按《明史》載世蕃獄具，徐階以為彰主過，適所以活之，為手削其草。(16)略雲：
曩年逆賊汪直勾倭內訌，罪在不宥。直徽州人，與羅龍文姻舊，遂送十萬金世蕃所，擬為授官……龍文亦招聚王直通倭餘黨五百餘人謀於世蕃。班頭牛信亦自山海衛棄伍北走，擬誘致北虜，南北響應……(17)
於是覆勘實以“交通倭虜，潛謀叛逆，其有顯證”上，嚴家由是方倒。獄辭中通倭誘虜二事，恰好做胡惟庸事件的影子。
在以上所引的史料中，衝突性最顯著的是《明史》所記塗節、商暠告變和《紀事本末》所記的雲奇告變二事。因為假使前者是真，則惟庸已得罪被誅，無請臨幸謀刺之可能。假使後者是真，則惟庸亦當日被誅，無待塗、商二人之告發。質言之，兩件告發案必有一件是假，或者兩件都假，斷不能兩件都真。現試略征群籍，先談雲奇事件。
穀應泰關於雲奇的記載，確有所本。此事最先見於雷禮所引《國琛集》。(18)記述與穀氏小有異同。其文雲：
太監雲奇南粵人。守西華門，邇胡惟庸第，刺知其逆謀。胡誑言所居井湧醴泉，請太祖往觀，鑾輿西出，雲慮必與禍，急走衝蹕，勒馬銜言狀。氣方勃崪，舌
不能達。太祖怒其犯蹕，左右撾捶亂下，雲垂斃，右臂將折，猶奮指賊臣第。太祖乃悟，登城眺顧，見其壯士披甲伏屏帷間數匝，亟返?殿，罪人就擒。召奇則息絕矣。太祖追悼奇，賜贈葬，令有司春秋祀之。墓在南京太平門外，鍾山之西。
自後王世貞撰《胡惟庸傳》即引此文，不過把“誑言所居井湧醴泉”改為“偽為第中甘露降”。(19)把地下湧出來的換成天上掉下來的罷了。鄧元錫索性把他列入《宦官傳》，以為忠義之首，不過又將名字改成奇雲奇。(20)傅維麟本之亦為立專傳(21)，仍複其名為雲奇。其他明清諸著述家如陳建(22)、嚴從簡(23)、鄧球(24)、尹守衡(25)、彭孫貽(26)、穀應泰(27)，日人如飯田忠彥(28)等，均深信不疑，引為實錄。
在上引的諸家記載中，有一個共通的可疑點。這疑點是雲奇身為內使，所服務地點與胡惟庸第相近，他既知胡氏逆謀，為什麽不先期告發，一定要到事迫眉睫，方才闖道報警呢？這問題彭孫貽氏把它彌縫解答了。他說：
時丞相胡惟庸謀大逆，居第距門甚邇。奇刺知其事，冀欲發未有路，適惟庸謾言所居井湧醴泉，邀上往賞，駕果當西出，奇慮必有禍，會走犯蹕……
總算勉強可以遮過讀者的究詰。但據以上諸書所記，惟庸請明太祖到他家裏來看醴泉或甘露的日子是洪武十三年正月戊戌。據《明史》惟庸即以是日被誅。(29)這樣當天請客，當天殺頭，中間並未經過審訊下獄的階段，在時間上是否發生問題呢？這問題夏燮曾引《三編質實》證明其不可能，他說：
考《實錄》正月癸巳朔，甲午中丞塗節告胡惟庸謀反，戊戌賜惟庸等死。若然，則正月二日惟庸已被告發，不應戊戌尚有邀帝幸第之事。(30)
我們在時間上的比較，已知此事非真。如再從事實方麵考核，南京城高數仞，胡惟庸第據文中“壯士匿屏帷（或廳事）間”絕非無屋頂——露天可知（《有學集》一〇三引《明人紀載》說：南京城西華門內有大門北向，其高與諸宮殿等，後門薨棟具在，曰舊丞相府，即胡惟庸故第）。無論西華門離胡第怎樣近（事實上愈近隻能看屋脊），就譬如在景山山頂吧，故宮就在足下，除了黃澄澄的屋瓦以外，我們能看出宮殿內的任何事物出來嗎？同理，胡第非露天，就使明太祖真有登過城這一回事，又何從知道胡第伏有甲兵，此甲兵且伏在廳事中，屏帷間！
據《國琛集》說胡惟庸第在西華門內——禁中。王世貞《舊丞相府誌》頗疑其非是。考《昭示奸黨第二錄》載盧仲謙供，謂胡惟庸私第在細柳坊，按《洪武京城圖誌》：廣藝街在上元縣西，舊名細柳坊，一名武勝坊。又考《街市圖》：廣藝街在內橋之北，與舊內相近。則惟庸私第之不在禁中明甚。再按《實錄》：丙午八月（1366）拓建康城；初舊內在建康舊城中，因元南台為宮，稍庳隘，上乃命劉基等卜地，定新宮於鍾山陽。戊申正月（1368）自舊內遷新宮。由是知明太祖之遷居新宮在洪武元年，舊內固近惟庸第，新宮則在建康城北，雲奇事件如在洪武十三年，則根本為不可能。
由以上的推斷，雲奇事件之無稽荒謬，已決然無可疑。不過這一傳說又從何發生的呢？雲奇與胡惟庸雖無關係，但這事件的本身是否有存在的可能性呢？這兩疑問，何孟春氏的《雲奇墓碑》(31)將給我們以一個滿意的解答。
南京太平門外鍾山西有內官享堂一區，我太祖高皇帝所賜，今加贈司禮監太監雲公奇葬地也。案舊碑公南粵人，洪武間內使，守西華門。時丞相謀逆者居第距門甚邇，公刺知其事，冀因隙以發。未幾，彼逆臣言所居井湧醴泉……
公所遭謀逆者舊狀以為胡藍二黨。夫胡惟庸之不軌在洪武十三年，藍玉在二十六年，胡被誅後，詔不設丞相，至藍十四年矣。春敢定以胡為是，以補舊碑之缺，備他日史官之考證。
可見胡惟庸謀逆的真相，明初人就不大清楚。舊碑闕以存疑，尚不失忠實態度。何孟春自作聰明，硬斷定為胡惟庸，後此史官，雖以此事不見《實錄》，亦援引碑文，定為信讞，自王世貞以下至彭孫貽、飯田忠彥等都篤信其事，因訛傳訛，結果當然是到處碰壁，怎麽也解釋不出時間性與空間的不可能和事實上的矛盾了。錢謙益《明太祖實錄辨證》三說：“雲奇之事，國史野史，一無可考。嘉靖中朝廷因中人之請而加贈，何孟春據中人之言而立碑。”所謂中人，潘檉章以為是高隆。他說：
雲奇事起於中官高隆等，相傳為藍玉時事。而何孟春從而附會之，以為玉未嚐為丞相，故又移之胡惟庸。鑿空說鬼，有識者所不道。(32)
他疑心雲奇事件是由邵榮三山門謀逆之事衍變來的。他說：
然考之史，惟平章邵榮嚐伏兵三山門內欲為變，上從他道還，不得發。與墓碑所稱相類。三山門在都城西南與舊內相近，上登城眺察，難悉睹也。豈雲奇本守三山門，訛而為西華耶？或雲奇以衝蹕死，而宋國興之告變踵至耶？事有無不可知，史之闕文，其為是歟？(33)