乾隆十五年，黃元禦行醫北京，適遇乾隆皇帝病重。太醫院與京城名醫多方調治無效，帝屙漸沉，百醫束手無策。
當時，宮中有一太監為昌邑玉皇廟村人，深知元禦醫術高超，便向朝廷推薦，詔進時黃氏辭曰：“敝乃草民，不懂君臣大禮，恐萬歲見責，有欺君之罪。”乾隆帝傳諭：“免恕一切，至宮廷時對朕麵隻行叩首之禮。”並令侍官帶奉銀及綾羅緞匹為禮，再詔黃氏進宮。
黃氏辭曰：“無功不受祿，敝乃布衣之士，豈敢接受。”帝怒，再賜以五品頂戴，按品賜銀，再次傳進。黃氏見再難推委，遂入宮。
乾隆欲試其醫術高低，故虛設一帳，令宮女臥其內，隻露一手於帳外，讓元禦診脈。診畢退出，侍官請處方，元禦道：“龍體鳳脈，無藥可醫，恐不久於人世。”侍官回奏，乾隆聞言心悅誠服，乃知其為良醫，即令禦診，診後帝問：“朕得何病，應用何方治療？”元禦道：“萬歲小恙，乃七分藥毒三分病，須先進兩帖去藥毒，繼服一帖治所病。”帝允諾，按方配服，病豁然而愈。
乾隆帝大喜，賜以重金，元禦皆堅辭不受，說： “吾非為官為錢，願為社稷治病救人”。皇帝便命他入太醫院為禦醫，並賜其楸木棋盤、玉石棋子一副，常與對弈，遂號玉楸子。乾隆十六年二月，乾隆帝南巡，黃元禦奉詔侍從，隨駕杭州，治途為人治病屢驗，著方調藥皆神效。
皇帝感其學識，親書禦匾“妙悟歧黃”，懸於太醫院門首。
黃氏於太醫院任職期間醫術日益精湛，治愈多起皇宮貴族的疑難雜症，晚年更是著書立說，為中醫學發展做出諸多貢獻。
鑒於第一次金川之戰大批清軍水土不服、疾病纏身，致使戰鬥力低下、傷亡慘重的情景，乾隆皇帝認為軍士病症皆是經絡不通，氣血不循，正氣不足造成，所以著尊經派的太醫院禦醫——黃元禦署理川軍軍醫館——久真堂，提供解決將士水土不服之症的方略。
臨危受命的黃元禦仔細了解了藏區的氣候，官兵高原缺氧和高寒以及流行的傷寒、咳嗽等形象，予以將宮廷的秘方、宮廷中禦藥房中治療肺病、咳嗽最好的藥材和藏區的蟲草、貝母、紅景天等等名貴藥材為伍，又使用人參、天麻、鹿茸、靈芝、桑黃等名貴滋補藥材作為強勁官兵體魄的藥引子，還把宮廷禦藥房銀質藥具和部分宮廷禦藥房作人一同前往成都，秘製出各類強勁體魄，提高免疫力，抗高原低氧環境的膏、丹、丸、散用於清軍攜帶服用，以克各類低氧、傷寒、咳嗽、倦怠、疲憊等病症。
期間黃元禦通過了解士兵症狀和用藥效果，完善和補益了他的《長沙藥解》的著作。所幸，雜穀土司之亂很快平定，但是軍醫館——久真堂的秘製膏、丹、丸、散在駐軍中引起了良好的反應，獲得了很高的讚賞，皆尊奉黃元禦為久真堂的創始祖師爺，在軍醫館的大堂懸掛乾隆手書褒獎黃元禦“妙悟岐黃”的牌匾為榮，軍醫的醫師皆自詡禦醫之門生。
乾隆三十六年在第二次大小金川之戰中，定西將軍阿桂首先整肅兵馬，除了在汶川、打箭爐駐軍沿途設置多處湯藥處，遵照已過世黃元禦為久真堂留下的各類研究方略，製造各類抗病膏、丹、丸、散劑，還特選13位軍中勇士，根據不同體質用黃元禦留下的醫方調配，用上等的藏區蟲草、貝母枇杷膏等給予服用。13位勇士服用該配方後非但晝夜不倦不病，反而越戰越勇，最終取得勝利。乾隆大喜下特意褒獎久真堂上下醫師。並準許懸掛著乾隆皇帝禦筆親書的“妙悟岐黃”牌匾，遵照“仁道藥濟”的行醫理念濟世救人。