重慶蜀軍政府成立後，立即組織軍隊，準備西上討伐成都。這時，在全國和全省革命潮流的襲擊下，成都發生了一係列的政變。
自從端方在資州被殺、內江起義成功，進玫自流井的民軍，因此也取得了勝利。於是，成都四周的民軍，勢力大振。這時被民軍圍困了幾個月的趙爾豐，眼看救兵已經絕望，成都早晚要被打開，他便作這樣的考慮：與其被革命黨推翻，不如將政權交給立憲派，便於保存實力。就這樣，11月27日，在立憲黨人和趙爾豐的勾結下，成都扮演了一出“獨立”的滑稽戲，成立了所謂“大漢四川軍政府”，由立憲派頭子蒲殿俊擔任都督，趙爾豐的心腹新軍統製朱慶瀾擔任副都督。至於趙爾豐，仍被委以辦理邊防的重任，實際上操縱著軍政大權。對於這樣的“獨立”，人民當然不會滿意。各地民軍都以“索趙”為號召，繼續向成都進攻。這.時，趙爾豐已確知清朝中央政府尚未垮台，於是又陰謀複辟。12月8日，蒲殿俊到校場點兵，巡防軍在趙爾豐的唆使下，發生嘩變。蒲殿俊從此躲藏起來，連都督也不敢當了。四郊民軍看到這種情形，非常憤慨，便相率入城，將趙爾豐圍困在督署裏麵。趙爾豐的複辟陰謀終未得逞。經過這一場事變，成都軍政府為了欺騙人民和敷衍民軍，不得不實行一番改組。於是，曾經留學日本的前陸軍學堂總辦尹昌衡當上了都督，與哥老會有聯係的羅綸當上了副都督，同時還拉了幾個革命黨人來當部長，以資點綴。但是，人民對趙爾豐的仇恨，始終不能平息下來。立憲黨看到不殺趙爾豐，不足以平民憤，將會引起深刻的革命，因此，才不得不借趙爾豐的頭來緩和群眾情緒。12月22日，尹昌衡和立憲黨人依靠著民軍的力量，解決了督署的武裝，捕殺了趙爾豐。立憲黨人在捕殺趙爾豐之後，便馬上回過頭來對付民軍。在他們軟硬兼施的進攻下，缺乏正確思想領導的民軍首領，有的被腐化收買，有的被殘酷殺害。於是，轟轟烈烈的起義運動，竟被瓦解，入民艱苦鬥爭的果實，竟被立憲黨人竊奪去了。
從這一係列的事變中，可以清楚地看到：趙爾豐是清朝反動統治在四川最頑固的代表者，他曾經用盡一切辦法，來挽救清朝反動政府在四川所遭遇的危機，他自始至終沒有動搖過對清朝政府的忠心，以至最後和清朝政府的反動統治同歸於盡。以蒲殿俊、羅綸等為首的立憲黨人，則代表著四川地主階級和上層資產階級的利益，雖然他們也曾假借革命群眾的力量，向清朝反動統治者作過一定程度的鬥爭，但是，他們最害怕的是群眾真的革起命來，動搖了封建統治的社會基礎，所以，他們對趙爾豐等清朝反動統治的代表者總是特別“寬大”，而對起義群眾卻格外的殘忍無情。至於起義的民軍，它基本上是由自發參加鬥爭的廣大下層群眾所組成的，其領導成員多半為會黨首領，隻有少數是革命黨人，他們當中有不少的優秀分子（如龍鳴劍等）大多在殘酷的鬥爭中犧牲了，而剩下來的人後來卻上了立憲黨人的圈套，無形中成了替他們爭奪江山的工具。但是，無論是爭路運動和推翻清朝的功勞，都應該歸之於這般下層群眾和他們的領導者身上。趙爾豐是屠戶、立憲黨人大部分都是騙子、起義民軍大部分都是好人，這並不是什麽高論，而是廣大人民群眾早已作出的曆史定評。但是，周善培卻不同意這種論斷，為此，他特地寫了一本《辛亥四川爭路親曆記》，把趙爾豐描寫成實行禪讓的堯舜，把立憲黨人視為彬彬有禮之士，而把革命黨人和起義群眾則看作大逆不道的匪徒。但是，事實畢竟是事實，周善培的無恥妄說，有誰能相信呢？其實，周善培在這次運動中，擔任了一個頗不光彩的角色，他曾經以提法使的地位參與了趙爾豐鎮壓和破壞人民革命鬥爭的一切殘暴行為和陰謀活動。當然，平心而論，他和趙爾豐還是有所不同的，他雖然坐在他的大帥（趙爾豐）的那隻船上，但他一看風頭不對，就把一隻腳踏到立黨人的那隻船上去了。因此，他比他的大帥總算要開明些。不過若與他的采帥（王人文）比較起來，他就未免有些遜色了。因為他的這位采帥，曾經為庇護立憲黨人而丟掉了官職，也就是說，當他看到清朝政府這隻破船快要沉沒的時候，就從船上跳了下來，而不象周善培那樣猶豫不決地踏在兩隻船上。因此，周善培根本就沒有資格寫什麽《辛亥四川爭路親曆記》，因為他根本就沒有親曆過四川人民的爭路鬥爭。他如果為人老實，肯把他們那幫人如何反對四川人民爭路的親身經曆寫出來，倒一定會有許多非常精彩的內容。但他不肯如此，卻硬著頭皮把他反對爭路的親曆寫作爭路的親曆，因此就不免要大鬧笑話了。讀者隻要翻開他的書一看，滿紙都是大帥、采帥之類的稱呼，他的反動立場就怎麽也掩蓋不住了。
當重慶蜀軍政府正在組織軍隊準備討伐成都的時候，它的內部曾經發生過一次嚴重的危機。這次軍事行動，原定由夏之時以副都督的身分親自領兵出征，而以總司令林畏生兼任北路支隊長。林對此發生誤會，以為摘掉了他的總司令職權，大為不滿。本來林的參加革命就是出於被迫，根本沒有什麽覺悟，及至當了蜀軍總司令，他自以為過去在新軍中的地位比夏要高，因此，對夏常出不遜之言，態度非常傲慢。現在又誤認夏在故意壓抑他，一怒之下，即將支隊長的委任文書和一切印信當眾撕毀，並且破口大罵，持槍握拳，闖進軍政府，聲言要找夏之時拚命。而且林手下有一兩個團長，更橫行不法，縱容著士兵四出擾民。我到重慶的時候，正碰到這種情形，當時重慶到處街談巷議，人心惶惶不安。而張培爵和夏之時對此卻毫無辦法。剛剛成立不久的蜀軍政府，差不多陷入了無政府的狀態中。張培爵見我來到，非常高興，連忙要我想個辦法。我嚴正地說：“隻有嚴明紀律，才能維護革命政權，現在必須召開一個緊急會議來討論這件事情，並準備實行軍事裁判，整頓軍紀。”
張培爵很同意我的意見。這時雖已深夜，但他仍立刻下令召集全體負責軍政人員開會，不許攜帶武器，並令守衛妥為戒備。一會，人們到齊，會議開始。夏之時首先報告事情發生的經過，請全體討論解決。這時林畏生毫不在意地起來大聲說道：“我林畏生罪多得很！砍官防，其罪一也；撕委任狀，其罪二也；辱罵都督，其罪三也；鬧軍政府，其罪四也。看你們敢把我林畏生怎麽樣！”他氣勢洶洶，說完就坐下。過了許久，沒有一個人敢起來必士。我看見這種情形，非常氣憤，心想既為革命黨人，對清朝反動政府都敢起來革命，為什麽對這樣一員悍將就不敢鬥爭了呢？於是抑製著憤怒，從容地起來說道：“我們革命的宗旨是推翻清朝專製政府，實行民主政治，解除人民痛苦，並不是以暴易暴。我們革命黨人是不侮鰥寡，不畏強暴的。扶正義，打抱不平，正是我們革命黨人的本色。如果我們今天剛一勝利，就橫行霸道，和清朝官吏一樣，實在違反革命初衷……”
我沉痛地講了兩個小時，最後主張執行革命紀律，把這個會議變為軍事裁判。全場熱烈鼓掌，表示同意。這時林畏生才不時地看我，對我這樣一個陌生人的講話，感到驚異。
接著夏之時說：“我是當事人，不便主持裁判。我提議請最近由同盟會總部派來的、孫中山先生親密的朋友吳玉章同誌作裁判長。”大家表示讚成。這完全出於我的意料。我想：由於我的提議才召開這次會議，現在要我來主持裁判，豈不是故意把殺人的事情推給我作嗎？但接著又想：如果推辭，旁人也是一定不幹的，事情又怎麽解決呢？於是，便毅然接受了大家的推舉，並且向大家說道：“第一，我說明犯罪的行為時必須得眾人的同意；第二，我判決的處罰也必須得眾人的同意；第三，判決後犯罪人得申訴或聲明不服，並說明不服的理由；第四，判決後一定要遵照實行。必須大家都讚成這四個條件，我才能就職。”
大家都說：“這是最公平的裁判法，我們讚成。”
於是，軍事裁判就立即嚴肅地開始了。我詳細地說明林畏生的犯罪行為違背了革命宗旨，危害了人民利益，無異企圖推翻革命軍政府，應照軍政府規定的軍法處以死刑。問大家同不同意，大家表示讚成。於是又問林是否服罪，限他二分鍾以內講話。林卻沉默著。又延長五分鍾，他仍不講話。經再三催促，他才說：“說我想推翻軍政府，我沒有這個心思。”
我說：“我不能知道你有沒有這個心思。但判斷犯罪以客觀行動為標準，你的行動是危害軍政府的。”
他再也沒有話講了。於是我就請夏之時執行判決。夏卻猶豫起來了。他結結巴巴地說了幾句應該特設什麽什麽的話。他的意思是說，裁判既是特設的，執行也應該特設。因為他說得不清楚，有些人就以為是“特赦”。於是他們又反過來為林畏生辯護，說林也是參加了起義的人，應該從寬處理，赦免他。
我堅決反對，認為大家剛才約定的條件，不應該馬上就自己推翻。辯論了一小時，還是沒有結果。有一個激烈的革命黨人憤慨地說：“象你們這樣懦弱畏縮，我就拿炸彈來把大家炸死算了。”大家又紛紛反對他。我說：“不必性急；我試問林畏生這樣蜜不講理的人，誰能保他以後再不作亂事呢？”
這時有一位姓舒的團長起來說：“我保他，我們四團人保他。”
他話猶未了，衛隊中幾個士兵就齊聲說：“就是這個家夥最壞！”因為士兵們說話時過於激動，擠得刀槍碰擊作響，那資舒團長恐怕有人打他，急忙把頭低下去躲藏，猛地一下碰到桌子角上，流出血來。大家以為士兵開了槍，都趕快逃避。石青陽尤為可笑，竟把茶幾頂在頭上，跑了出去。這時會場上就隻剩下我和張培爵、夏之時、林畏生四個人。林也和張、夏兩人一同勸士兵們歸於安靜。衛兵說：“就是那舒團長勸林司令做壞事。”我說：“現在暫把舒團長扣下，另案辦理。今晚還是要把這個案子結束。”
接著又把大家都請了回來。好在軍政府戒備很嚴，沒有一個人逃得出去。大家坐定後，我看林畏生並未趁這次擾亂逃走或者有什麽不好的表現，也就有從輕處罰的意思了。因此我就和大家商量：“有人說要特赦他，但是誰能替他保證呢？”謝持、朱之洪說他們願意擔保。最後決定立刻解除他的職務，並且派人送他回湖北原籍。
這件事情充分地表現了當時蜀軍政府的軟弱無力，也表現了當時這些革命黨人的畏縮、妥協。然而，經過了這一次嚴重的鬥爭，蜀軍政府總算得到了暫時的鞏固，更重要的是重慶人民都高興為他們除去了一個禍害。
這時已是1911年的12月了，南京已被民軍攻克，中華民國臨時政府正醞釀在南京成立。孫中山先生也已經從國外回來，首途前往南京。因此，我也準備到南京去。於是，重慶蜀軍政府就讓我和楊庶堪作為它的代表到南京去參加臨時政府的工作。