吾於清初大師，最尊顧、黃、王、顏，皆明學反動所產也。顧為正統派所自出，前既論列，今當繼述三子者。
餘姚黃宗羲，少受學於劉宗周，純然明學也。中年以後，方向一變，其言曰：“明人講學，襲語錄糟粕，不以六經為根柢，束書而從事於遊談，更滋流弊，故學者必先窮經。然拘執經術，不適於用，欲免迂儒，必兼讀史。”（《清史·黃宗羲傳》）又曰：“讀書不多，無以證理之變化。多而不求於心，則為俗學。”（全祖望·《鮚亭集·黃梨洲先生神道碑》）大抵清代經學之祖推炎武，其史學之祖當推宗羲。所著《明儒學案》，中國之有“學術史”自此始也。又好治天算，著書八種，全祖望謂“梅文鼎本《周髀》言天文，世驚為不傳之秘，而不知宗羲實開之”。其《律呂新義》，開樂律研究之緒。其《易學象數論》，與胡渭《易圖明辨》互相發明。其《授書隨筆》，則答閻若璩問也。故閻、胡之學，皆受宗羲影響。其他學亦稱是。
清初之儒，皆講“致用”，所謂“經世之務”是也。宗羲以史學為根柢，故言之尤辯。其最有影響於近代思想者，則《明夷待訪錄》也，其言曰：“後之為君者，以天下之利盡歸於己，天下之害盡歸於人使天下之人，不敢自私，不敢自利，以我之大私為天下之公視天下為莫大之產業，凡天下之無地而得安寧者，為有君也天下之人，怨惡其君，視之為寇讎，名之為獨夫，固其所也。而小儒規規焉以君臣之義無所逃於天地之間，至桀紂之暴猶謂不當誅欲以如父如天之空名，禁人窺伺。”（《原君》）又曰：“後之人主，既得天下，唯恐其子孫之不能保有也，思患於未然而為之法。然則其所謂法者，一家之法，而非天下之法也夫非法之法，前王不勝其利欲之私以創之，後王或不勝其利欲之私以壞之，壞之者固足以害天下，其創之者亦未始非害天下也論者謂有治人無治法，吾謂有治法而後有治人。”（《原法》）
此等論調，由今日觀之，固甚普通甚膚淺，然在二百六七十年前，則真極大膽之創論也。故顧炎武見之而歎，謂“三代之治可複”。而後此梁啟超、譚嗣同輩倡民權共和之說，則將其書節鈔印數萬本，秘密散布，於晚清思想之驟變，極有力焉。
清代史學極盛於浙，鄞縣萬斯同最稱首出。斯同則宗羲弟子也。唐以後之史，皆官家設局分修，斯同最非之，謂：“官修之史，倉猝成於眾人，猶招市人與謀室中之事。”（錢大昕《潛研堂集·萬季野先生傳》）以獨力成《明史稿》，論者謂遷、固以後一人而已。其後斯同同縣有全祖望，亦私淑宗羲，言“文獻學”者宗焉。會稽有章學誠，著《文史通義》，學識在劉知幾、鄭樵上。
衡陽王夫之，生於南荒，學無所師承，且國變後遁跡深山，與一時士夫不相接，故當時無稱之者。然亦因是戛戛獨有所造，其攻王學甚力，嚐曰：“‘侮聖人之言’，小人之大惡也姚江之學，橫拈聖言之近似者，摘一句一字以為要妙，竄入其禪宗，尤為無忌憚之至。”（《俟解》）又曰：“數傳之後，愈徇跡而忘其真，或以鉤考文句，分支配擬為窮經之能，僅資場屋射覆之用，其偏者以臆測度，趨入荒杳。”（《中庸補傳衍》）遺書中此類之論甚多，皆感於明學之極敝而生反動，欲挽明以返諸宋，而於張載之《正蒙》，特推尚焉。其治學方法，已漸開科學研究的精神，嚐曰：天下之物理無窮，已精而又有其精者，隨時以變，而皆不失於正。但信諸已而即執之，去何得當？況其所為信諸己者，又或因習氣，或守一先生之言，而漸漬以為己心乎！”（《俟解》）夫之著書極多，同治間金陵刻本二百八十八卷，猶未逮其半。皆不落“習氣”，不“守一先生之言”。其《讀通鑒論》、《宋論》，往往有新解，為近代學子所喜誦習。尤能為深沉之思以繹名理，其《張子正蒙注》、《老子衍》、《莊子解》，皆覃精之作，蓋欲自創一派哲學而未成也。其言“天理即在人欲之中，無人欲則天理亦無從發現”（《正蒙注》），可謂發宋元以來所未發。後此戴震學說，實由茲衍出。故劉獻廷極推服之，謂：“天地元氣，聖賢學脈，僅此一線。”（《廣陽雜記》二）其鄉後學譚嗣同之思想，受其影響最多，嚐曰：“五百年來學者，真通天人之故者，船山一人而已。”（《仁學》卷上）尤可注意者，《遺書》目錄中，有《相宗絡索》及《三藏法師八識規矩論讚》二書（未刻）。在彼時以儒者而知治“唯識宗”，可不謂豪傑之士耶？