清政府主導的政治變革，應該說到了1911年都在比較順利地進行著，多少年的憲政追求終於有了一個結果。按照憲政編查館奉旨編製的政治日程表，清廷於1911年5月8日公布了內閣官製和內閣辦事暫行章程兩個重要文件，標誌著憲政改革進入了實質性的階段。
當時革命派報紙登載的揭露皇族內閣真相的漫畫。
然而在同一天公布的第一屆內閣組成名單卻出了大問題，從總理大臣至各部大臣總計13個大臣中，皇族出身的竟然占有7名，半以上；漢族出身的隻有4人，不到三分之一，這就是後來所說的所謂皇族內閣。這個內閣使許多人大跌眼鏡，使那些原本想通過政治改革分享部分政治權利的立憲黨人深感失望。
清廷的失誤並沒有就此結束。就在皇族內閣名單出台的第二天，內閣副署了全國鐵路實行國有的詔令，這就從經濟上剝奪了非國有資本對鐵路的經營權力，這對剛剛興起的民族資本來說，無疑是沉重的一擊。5月14日，湖南各界首先發難，要求清政府收回成命，維護商民的基本權益，堅持湘省鐵路由湘人自主修建。
對於湖南人的要求，清廷拒絕考慮。於是湖南、湖北、廣東、四川等地很快發動了規模宏大的保路運動，終於為清廷敲響了喪鍾。
10月10日，湖北新軍在武昌發動起義。消息傳到日本，章太炎正在與弟子一起上課，弦歌之音不輟，或許是因為他對國內政治發展速度之快有些不盡了解，在看到這個消息時他不敢輕易相信。幾個月前的黃花崗起義也是轟轟烈烈，最後也以失敗告終，誰知道武昌起義會是什麽樣的結果呢？
辛亥革命前的武昌城。1911年10月10日（辛亥年八月十九日），震驚中外的武昌起義在這裏爆發。
1912年1月1日在南京就任中華民國臨時大總統的孫中山
即便在武昌起義的消息被確認後，章太炎也沒有想到回國。他隻是隨著事態發展，對留學日本的滿洲學生發出警告，因為這些滿洲學生鑒於國內形勢的危機，請求日本政府出兵幫助清政府鎮壓湖北新軍，這當然使章太炎怒不可遏。章太炎警告這些滿洲學生，所謂民族革命，隻是恢複中華主權，不讓他人攘奪而已，並不會像滿洲人當年入關那樣，大肆屠殺，將滿洲人斬盡殺絕，所以滿洲人在這個時候不要恐慌，更不能喪失理智向日本借兵，因為說到底，經過兩百年的交流融合，滿洲人其實也是中國人的一部分，南方的共和政府果真建立，新中國境內的滿漢蒙回藏一定會重建一個平等的新型關係。應該說，章太炎的這個解釋是有道理的，在一定程度上緩解了滿洲學生的心理壓力。
半個月過去了，湖南、江西相繼光複了，章太炎覺得這一次武昌起義的結果可能會與先前的那些起義不一樣，因此章太炎準備結束在日本的講學，返回國內，直接投身於政治活動中去。
11月3日，上海光複。三天後，滬軍都督府成立。章太炎獲悉這些消息後，急不可耐趕了回來，11月15日抵達上海。上海各界對章太炎的到來給予熱情歡迎，盛讚他是近代中國的大文豪，也是一個大革命家，是新中國的盧梭。
回到上海時，國內的形勢正在突飛猛進地變化著，短短一個月的時間，相繼宣布脫離清政府而獨立的省份就有湖北、湖南、江西、山西、雲南、上海、貴州、浙江、江蘇、廣西、安徽、福建、廣東和山東等，清政府已經四麵楚歌，搖搖欲墜。
光複會自從重建後，與同盟會雖然有合作，但更多的時候是有抗爭、有衝突。上海是南方最大的政治中心，其影響遠比武昌要大得多。然而上海光複後卻建立了兩個軍政府，一個是以同盟會成員陳其美為首的滬軍都督府，一個是以中華民國光複軍總司令李燮和為首的吳淞軍政分府，兩家分庭抗禮，互不相讓。
李燮和與章太炎同屬光複會，兩人關係也非常密切，所以章太炎回到上海後，立即人住李燮和的吳淞軍政分府，成為李燮和的高級顧問。但在當時特殊背景下，章太炎似乎並沒有介意光複會與同盟會曾經的關係，對陳其美也沒有視為對手或敵人，他勸李燮和去掉都督稱號，希望兩家攜手，希望正在歸國途中的孫中山早日抵達，以便協商北伐克複南京，占領長江中下遊地區，穩定東南，以定大局，以解民困。
早在《民報》時期，章太炎就對革命後的政治架構作過許多設想。現在革命即將成功，章太炎對於未來政治架構在曾經的設想基礎上又有了許多新的發展，並及時將這些想法公諸報端，深刻地影響了後來的政治發展。
在中央政府政治層麵上，章太炎主張，承認武昌首義的價值和意義，承認武昌臨時政府，但表示武昌臨時政府的首領隻當稱元帥，不應稱大總統。因為大總統應該經過民選，而不能自封，在目前北方尚未光複的條件下，全國範圍民選大總統還不可能。即便全國範圍的民選不能實現，也應該由新的國會或議院進行選舉，以強調權力來源的合法性、正當性。
在過渡時期，章太炎主張以元帥、副元帥的方式進行變通。具體的人選，他主張有首義之功的黎元洪可以出任元帥，黃興可以出任副元帥，由他們組成一個過渡政府，穩定大局，並為未來的正式選舉作準備。未來的中央政府結構，應該是真正意義上的共和體製，議會政治，責任政府。
至於未來政府人選，章太炎也有自己的考慮，他認為大總統或可在黎元洪、袁世凱兩人中間選出，這也是孫中山一再表示的意思。至於孫中山，章太炎根據自己的了解，認為孫中山長於議論，此蓋元老之才，不應屈之以任事。言下之意，如果將來議會、國會建立了，孫中山倒是可以去當個議長，或者幹脆就在野主持輿論，成為全社會意見領袖也是不錯的。
至於內閣總理人選，章太炎雖然對宋教仁不完全滿意，但仍然認為，在當時情形下宋教仁是比較理想的人選：略讀政書，粗有方略，智略有餘，且小心謹慎，能知政事，識大體。
對於第一屆內閣成員，章太炎也有自己的考慮。他認為如果宋教仁為總理，那麽，郵傳部可以交給湯壽潛，學部可以交給蔡元培，財政交給張謇，外交交給伍廷芳，法部不妨仍交給沈家本。從這個大名單看，章太炎的推薦超越了黨派，甚至超越了新朝與舊朝。
章太炎不僅在精心構思著未來中國政治發展藍圖，而且對政治發展本身也投入相當大的興致和努力。在章太炎抵達上海的當天（11月15日），光複各省都督府代表會議在上海江蘇教育會召開，會議公認湖北軍政府為民國中央政府，以鄂軍都督執行中央政務。這個決定無疑意味著，在新的中央政府沒有成立前，臨時的中央政府設在武昌，實際上就是承認黎元洪的軍政府為臨時政府。
擔任湖北軍政府都督的黎元洪
針對這種情形，章太炎11月24日在國民自治會發表演說，認同各省都督府代表會議的決定，建議就以武昌為中央政府。12月1日，他又建議當務之急既要出師北伐，又要派兵援鄂。前者是積極的進攻，後者是積極的鞏固後方，為重建統一準備條件。
章太炎主張將中央政府設在武昌並不是臨時起意，而是他的一個重要主張。他認為，從目前局勢看，建都武昌，必然促動革命黨人出兵援鄂，有助於鞏固武昌首義的成果。如果現在就宣布建都南京，那麽援鄂之心必然懈怠，武昌必然很快失守。武昌失守，清軍順流而下，南京、上海等長江中下遊還不是很容易得而複失嗎？
然而當章太炎的這個建議在12月2日與革命黨領袖集會討論時，卻遭到了各方麵的反對。黃興主張建都南京，宋教仁不願表態，與會的程德全、湯壽潛沒有發言。
擔任南京臨時政府陸軍總長的黃興
在建都問題上，章太炎認為黃興堅持建都南京，是私心作崇。按照章太炎的說法，黃興在武昌已經接受黎元洪的委任，就任漢陽總司令，但當南京光複後，黃興竟然接受大元帥的擁戴，以黎元洪的部將轉而成為主帥，且先前以推武昌為中央，現在卻改南京為中央。章太炎認為這樣做很不妥，這不僅不利於武昌方麵堅守抵抗，與北方抗爭，而且勢必開革命黨在未來政治中爭權奪利的先河。