1898年9月28日，清廷以大逆不道罪將譚嗣同、康廣仁等六人在菜市口處死，這對清廷來說原本是一件“正義”的事情，這在朝廷的上諭中都有明白宣示，朝野內外大致上也能夠認同。然而，奇怪的是，由於康有為、梁啟超在外國人保護下流亡國外，由於他們都是一流文人和學者，他們根據自己所掌握的事實及合理推測，成功地將這場並非完全正義的謀圍頤和園、劫持皇太後的未遂政變，解釋成了以慈禧太後為首的保守派為了從皇上手中奪權，而引發的一場非正義的武裝政變。後來一百多年，許多善良的人還就是相信康、梁的這個解釋。
康、梁的解釋合乎人們的認知。因為光緒帝畢竟不是慈禧太後的親生子，1898年秋天政治大逆轉之後的那段時間，畢竟是皇太後出園訓政，皇上的權力受到了削弱。而皇上也離開了原來的居所移居瀛台。這種種跡象都為康、梁的解讀提供了證據。
按照康有為、梁啟超的解讀，在朝廷內部存在著兩個司令部，以慈禧太後為首的保守派，主要是那些落伍顓預的滿洲貴族，他們不滿意皇上推動的政治變革，認為這些變革侵害了他們的既得利益，所以他們不斷向慈禧太後哭訴，希望慈禧太後出園訓政，阻止改革。相對應，當然有一個以光緒帝為首的改革派，這一派當然也包括康有為和為改革付出生命的六君子。康有為、梁啟超將光緒帝塑造成一個英明的君主，是中國的未來，大清的希望，是中國的明治天皇和大彼得一世。
究竟是康有為、梁啟超建構的敘事模式接近曆史真相，還是朝廷的官方說法更可信呢？在1898年底和後來很長一段時間，宮方對這個事情沒有提供任何新的解釋，當然政府的話語弱勢決定著它不可能整天為著過去的事情反複嘮叨，而民間出於對朝廷改革推動不力的現實考量，遂對康有為、梁啟超建構的敘事模式傾向於相信。
章太炎當然也是因為相信了康有為、梁啟超的這個建構轉而同情他們的，轉而放棄了對康有為學術上的敵視，轉而對光緒帝有了好感，認為在清廷內部確實存在著兩個陣線分明的派別。所以他在同情康、梁的同時，也在思考著怎樣幫助光緒帝推動清廷的改革，於是他在1899年3月12日發表了一篇重要文章，探討中國政治改革的基本模式。
這篇文章就是《客帝論》，最先發表在《台灣日日新報》上，稍後被梁啟超主編的《清議報》轉載，署名為“台灣旅客”。
在這篇文章中，章太炎對清朝的政治架構提出了一個根本改造，他認為由於清廷的主體是滿洲人，遂使政治改革麵臨非常大的困難，而要想改變這種局麵，一個最便捷最可行的途徑，就是采用傳統中國曾使用的客卿辦法，設置客帝，化解政治改革的困難。
根據章太炎的看法，在當時條件下，完全排除滿洲人的漢族革命大約是不可行的，因為盡管滿洲人人住中原缺少相當合法性，但曆史畢竟這樣走過了兩百年，滿洲人統治中原也是一個既成事實。那麽怎麽辦呢？章太炎提出的思路是，像古代中國使用異國之才為客卿那樣，可以考慮在目前特殊背景下設置一個特殊的名目即“客帝”，即將現在的滿洲君主更改為客帝，繼續讓這個客帝行使治權，就像現在的清國使用西方人為稅務司，為軍事教官那樣訓練軍官，而將政權移交給漢人。如此，日趨高漲的排滿主義情緒就會慢慢消解，滿漢之間的衝突也就會減弱。
從章太炎的這個構想看，他還是為清國在考慮，並沒有將清國作為反對的對象，而是為其出主意想辦法，希望清廷能夠度過這次政治危機。至於尋找漢人中的什麽人來接收這個政權呢？章太炎根據《左民春秋》今文學派《公羊春秋》的解釋，以為最合適的選擇莫若素王孔子的後人。他理由是，歐洲紀年以耶穌，衛藏紀年以釋迦，而教皇與達賴喇嘛，皆嚐為其共主。以此類推，中國的共主為孔子，也就順理成章，合乎成例了。這樣，中國之共主，其必在乎曲阜之小邑，而兩千年之以帝王自號者，也就隻是像齊桓公、晉文公，或者日本幕府一類的情形而已。
章太炎能夠想到用孔子及其家族作為中國共主，可能是因為他看到了日本天皇或其他國家的君主萬世一係，有著久遠的曆史傳承。他認為，在中國，真正的大家族大約隻有孔子一係自漢代受封以至於今，更十七姓，七十餘主而不能以意廢黜之。
孔子後人之為共主為帝王，是為了平衡滿漢之間的矛盾，是為了消解漢族人的抵抗，特別是孫中山的排滿革命。這一點是非常清楚的，這也是章太炎與尊清者遊的必然結果。由於與尊清者遊，章太炎的思想受到了這些尊清者的極大影響，使他發自內心認為即便慈禧太後非常壞，但光緒這個小皇帝可能還是不錯的。這個年輕的皇帝對於滿清兩百多年的曆史已有相當深入的認識和悔恨，在西方近代思想影響下，也有了一些覺醒和醒悟，以百姓之不得職為己大恥，於是選拔賢能，變革故法，使卒越勁，使民果毅、使吏精廉強力，使中國逐步恢複實力，重建輝煌，以抵禦歐美白人的欺侮。對於這樣還算明白的小皇帝，章太炎起了惻隱之心、以為不必像孫中山革命黨所說的那樣給予驅逐，而是應該繼續留下來為客帝。其具體的權力架構是，虛尊孔子為中國之共主，光緒帝引咎降名，以方伯自處，而為客帝，臣民視光緒帝為長官而不再是君主，光緒帝擁有治權而不再擁有政權。在章太炎看來，這樣就能有效化解反滿與擁滿之間的矛盾衝突，尋找一一個權力架構的平衡點，光緒帝繼續主持變法，主持朝政，隻是中國的新君主是孔子的後裔，光緒帝和他領導的朝廷大約有點像日本的明治政府。
與客帝方案相輔麵行的還有“分鎮”。這是章太炎認真思考過的一個問題，其實也與近代中國地方自治思潮的萌生有著密切關聯。
章太炎指出，當時的政治改革有著多種可能，但在國家體製還不能進行大修改大修正的時候，則莫若分鎮，莫若以封建方鎮為一，置燕、齊、晉、汴及東三省為王畿，屬於朝廷的專屬權利區域。其餘的地方，則置五道，如關隴，附以新疆；如楚蜀，附以西藏；如滇黔桂林，如閩廖，如江浙。在這五道中，選拔那些優秀的督撫進行統治，實行相對獨立相對完整的自治方案，政治上無以虛辭美稱，行政署吏，均由督撫說了算，中央不得幹預；至於財政，也由該地自主，該督撫自主，大約采取類似於現今的分稅製，除了地方自用外，應該按照一定的比例，或者一定的數額向中央交納。
更關鍵的一點在於，章太炎分鎮方案實際上使地方保持徹底自治，督撫一受其爵，非喪土缺貢，就是終身職務，中央政府不得無故撤銷其任職。即便這個督撫死了，中央政府也不必另行任命新的督撫，而是以老督撫的屬吏代理，朝廷或中央政府不過是履行一個任命的形式而已。
章太炎的分鎮製度設計，主要有這樣兩點考慮：一是近代以來，中國麵對西方壓力，往往顯得力不從心，每次交往，總是在西方的壓力下步步敗退，完全意義上的中央政府總是受製於西方，往往吃虧。章太炎的分鎮設計，就是要用地方的力量去抗衡外來的壓力，一旦中央政府遇到西方的壓力，遇到無理索要，就可以憑借地方相對獨立自治的理由予以坦然拒絕。果如是，則外人不得挾政府以宰製九域，地方在這樣的自治修煉中，就能夠培養當地人民對地方大吏的認同和支持，人人親其大吏，爭為效命。而地方督撫也勢必在如此情形下，修內政，安地方，各地的自治能力、自衛能力、發展能力，都必然會有很大的增長，必然會為大一統的中國尋找出一條發展新路。
二是章太炎希望通過這樣的地方自治，使地方實力增強，能夠培植出強有力且政治開明的地方實力，就像日本的薩摩、長州二藩在明治維新運動中的作用那樣，為大一統的中國政治變革找到一個更加可行更加經濟的道路。因為在章太炎看來，大一統的中國要想在政治上有所作為太難了，中國的未來希望可能不在中央，而在地方。這就是章太炎所說的，從來的政治變革政治發展，假如得不到潘鎮以尊王攘夷，那麽都很難。中國要想走上憲政道路，就必須從培植地方自治入手。章太炎在20世紀20年代的聯省自治思想，其實就是從這裏開始的。