章太炎是1897年初抵達上海參加《時務報》撰述的，不過在他致信汪康年時，就隨信附寄了一篇文章《論亞洲宜為唇齒》，這是目前所見章太炎最早的論政文字，發表在《時務報》當年2月出版的第十八冊。
《論亞洲宜為唇齒》在寫作方法上可以概見章太炎後來數十年的一貫風格，那就是標新立異，決不說別人常說的話，沒有新話就不說。這篇文章的主旨是批判甲午戰後國內思想界、政治界一個最主流的看法，即聯俄製日。
日本甲午戰爭逼迫清政府割讓了台灣和遼東半島，後在俄、德、法三國幹涉下，清政府又多出一筆巨額費用贖同了白己的遼東，但台灣卻是永久割讓了，此外，還有一筆中國人無法承受之重的戰爭賠款，還要允許日本臣民自由到中國內地辦工廠，享受進出口的優惠。
甲午戰爭徹底改變了中國人對日本的看法，使中國人覺得這個日本真是忘恩負義的政治小人，千年的老師你都敢這樣欺負，你不就是向西方人學了一點堅船利炮了嗎？你不就是仿照夷人改製了嗎？有什麽了不起？所以中國人在甲午戰爭後的反應就是君子報仇十年不晚，臥薪嚐膽，變法圖強。
日本人轉身向西，學習西方，立誌要在遠東建立一個西方意義上的近代國家，中國要想在未來十年與日本爭高下，決雌雄，也真的不是那麽容易。所以，以李鴻章為代表的一大批中國人在戰後主張與俄國人結盟，利用俄國人力量去製衡日本，維護遠東均勢，於是有了1896年的中俄密約。
聯俄製日是一種外交策略，是傳統中國以夷治夷外交路線的現代運用。對於這個差不多舉國認同的外交路線，章太炎持有異議。他認為，這個方針無疑是錯誤的，他根據自己的曆史知識以為中國的真正威脅並不是日本，而是俄國。中國的正確選擇應該是向日本學習，盡管這是一個那樣不給中國麵子的敵國。中國不僅要學習日本變法圖強，而且要準備著與日本在政治上、軍事上結盟。未來世界的大衝突，在一定的時間裏大約就是發達的歐洲向亞洲尋找市場、資源和殖民地，所以亞洲各國宜為唇齒，唇亡齒寒，要結成亞洲人的大聯盟，一致對外，聯手製衡俄國等歐洲國家對亞洲的蠶食。
章太炎在這篇文章中明確指出，朝廷現在無深長之慮，隻想到在甲午戰爭中的一箭之仇，而密約俄羅斯以為奧援，讓俄國人在膠州駐軍，在吉林築路，其結果必將是齊魯與東三省為異域，俄國人遲早必將把這些土地改變顏色，變成俄國人領土或殖民地。因此，章太炎提醒朝廷，在政治上、外交上沒有永遠的敵人，隻有永遠的利益。口本雖然在戰爭中，在議和談判中欺負中國，但是中國如果虔誠地向日本學習，也一定能夠獲得日本人的好感，重建中日友好，開啟亞洲曆史的新紀元。我們在後麵還會看到，章太炎“亞洲宜為唇齒”說是後來流行一時的大亞洲主義濫觴，在中國思想界擁有相當市場。
就政治理念而言，在沾經精舍一心隻讀聖賢書的章太炎似乎並不清楚窗外事，他對大亞洲主義的呼喚，其實是在替朝廷出主意想辦法，並不像他後來說標榜的那樣，很早就有了排滿的民族主義情緒。甚至可以這樣說，章太炎走出詁經精舍的第一步，與孫中山賣掉藥房和診所，投奔李鴻章有異曲同工之妙，都是愛國家更愛朝廷的生動體現，隻是他們後來都成為大革命家，用後來的心情回顧曆史，不願忘記這些情節而已。
走出詁經精舍的章太炎愛國家更愛朝廷，所以他到了時務報館，當他從梁啟超那裏得知有一個叫孫文的廣東人兩年前就蓄誌傾覆滿洲政府時，章太炎並沒有立即認同孫文的主張，投身革命。他雖然在後來多次強調自己的民族主義排滿思想至此明晰，這其實是用後來的思想解釋當時的情形。證據很簡單，就是章太炎此後很長時間發表的言論，在很大程度上都是為朝廷出主意想辦法，並非立意推翻清政府。而且，章太炎隻能擁有這樣的政治理念，才會與《時務報》負責人汪康年、黃遵憲、梁啟超的思想一致，《時務報》也才能接受這個撰述人。
基於這樣的思想基礎，章太炎在稍後發表的《論學會有大益於黃人亟宜保護》一文中，對國內政治發展提出許多自己的看法。簡單地說，就是建議清政府利用戰後有利時機，激活讀書人對國家、對政治的熱情，重建傳統中國講學風氣，組織起來，弘揚傳統儒家六藝之學四術之教，縮短中國與世界的差距。政府無論如何不要像傳統政治那樣反對讀書人結社講學，治以黨錮，株連鉤考，這樣做的結果並不能阻止讀書人追求進步，反而將他們推向了反對陣營。政府的正確選擇應該是因勢利導，提供方便，宜有以糾之、合之、禮之、養之、宣之、布之，使比於賓萌，上說下教，以昌吾學，以強吾類；讀書人的正確選擇應該是不畏強暴，頂住壓力，合耦同誌，以建學會，朝夕講貫，雖摩頂放踵說不敢辭。果真如此，上下一心，舉國一致，中國的麵貌必將大為改觀，中國必將進入一個新時代。這篇文章的主旨，最簡單地說也就是章太炎的一句話，“以革政挽革命”，用清廷的主動變革去阻止孫文或其他什麽人的革命活動。這大約也就是章太炎後來自嘲的“與尊清者遊”。
1897年早春，應該說章太炎與尊清者粱啟超、汪康年等人有著良好的互動，有著相同或比較接近的政治理念，但正如我們已經知道的那樣，章太炎是一個有著良好學術訓練的人，他的知識、他的習慣使他不能輕易認同別人的看法，尤其是在他擅長的中國學術領域。在政治領域，章太炎此時還提不出更多的新見解，但在學術上，他畢竟有先前十幾年的積澱，所以當康門弟子竭力鼓吹康有為為南海聖人、為教主、為教皇、為中國新希望的時候，章太炎內心深處的無名火實在按捺不住了。
而且，從康有為方麵說，康有為確實在那時刻意營造聖人的形象，以為更名為長素，就能像孔子那樣為素王；以為賜名弟子為“超回”，為“軼賜”，那些弟子就真的能像顏回、子貢拱衛孔子那樣拱衛康有為。對孔子、儒學史諳熟於心的章太炎對於康門這些做派大約真的忍無可忍了。再加上他那時熱戀杯中物，幾杯老酒下肚，更不知深淺，肆意批評康有為為教匪，什麽十年必有符命，必成大業雲雲，不過是癡人說夢，胡說八道。
真聖人是不怕別人辯論和批評的，假聖人當然就不一樣了。章太炎雖然曾與康有為、梁啟超等人同路，認同變法、認同維新，但章太炎公開的非議，背後的攻擊，似乎也很快激怒了康門弟子。利益使然，他們對章太炎的狂妄非常憤怒，以為如果鎮不住章太炎，必然會損及康門利益，於是一場衝突不可避免。
1897年4月14日，康門弟子糾集在一起來到《時務報》館找章太炎尋釁鬧事，在一片混亂的爭吵中發生嚴重的肢體衝突，康門弟子梁作霖等先動手毆打章太炎和他的追隨者麥仲華，而脾氣本來就橫的章太炎當然不會示弱，擒賊先擒王，順勢給了梁啟超一個大巴掌。
有傷斯文的肢體衝突發生後，章太炎的酒也醒了，想想也是，康有為和他的門人盡管吹得有點過了，但那畢竟隻是人家自己的事，你這樣不分深淺地在人前人後胡說八道，不也是故意找難堪嗎？事後的章太炎對打架罵人稟受道歉，似乎也不認為自己有什麽不對，但是很顯然，在梁啟超主筆的《時務報》裏肯定沒有辦法待下去了，無論他的親戚汪康年怎樣勸說，章太炎就是一根筋，一句話：兄弟不願在這裏伺候了。4月28日，章太炎離開了《時務報》，離開了上海，回到自己的地盤杭州去了。加盟《時務報》的時間，前後不過三個月，文章也就發表了兩篇，不過經驗卻是增加不少，人脈關係也有不同尋常的收獲。