二十五年春正月丙辰，朝鮮使來請援。二月丙寅，複議征倭。丙子，前都督同知麻貴為備倭總兵官，統南北諸軍。三月乙巳，山東右參政楊鎬為僉都禦史，經略朝鮮軍務。己未，兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略禦倭。
夏六月戊寅，皇極、中極、建極三殿災。癸未，罷修國史。秋七月癸巳，誡諭群臣。丁酉，詔赦天下。是月，楊應龍叛，掠合江、綦江。八月丁醜，倭破朝鮮閑山，遂薄南原，副總兵楊元棄城走，倭逼王京。甲申，京師地震。九月壬辰，逮前兵部尚書石星下獄，論死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款關請罪，詔授安南都統使。是年，琉球入貢。
二十六年春正月，官軍攻倭於蔚山，不克，楊鎬、麻貴奔王京。三月癸卯，賜趙秉忠等進士及第、出身有差。壬子，群臣詣文華門疏請皇長子冠婚，不允。
夏四月丁卯，遼東總兵官李如鬆出塞，遇伏戰死。壬申，京師旱，敕修省。六月丁巳，楊鎬罷。戊午，中官李敬采珠廣東。丙寅，張位罷。丙子，巡撫天津僉都禦史萬世德經略朝鮮。秋七月丙戌，中官魯保鬻兩淮餘鹽。八月丁醜，京師地震。
九月壬辰，免浙江被災田租。冬十月乙卯，總兵官劉綎、麻貴分道擊倭，敗之。
董一元攻倭新寨，敗績。十一月戊戌，倭棄蔚山遁，官軍分道進擊。十二月，總兵官陳璘破倭於乙山，朝鮮平。是年，烏斯藏入貢。
二十七年春二月壬子，分遣中官領浙江、福建、廣東市舶司。是月，貴州巡撫江東之遣兵討楊應龍，敗績。三月己亥，前兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，討楊應龍。夏四月甲戌，禦午門，受倭俘。是月，臨清民變，焚稅使馬堂暑，殺其參隨三十四人。閏月丙戌，以倭平，詔天下，除東征加派田賦。己醜，久旱，敕修省。丙申，以諸皇子婚，詔取太倉銀二千四百萬兩。戶部告匱，命嚴核天下積儲。六月己亥，楊應龍陷綦江，參將房嘉寵、遊擊張良賢戰死。秋八月甲午，陝西狄道縣山崩。九月，土蠻犯錦州。
冬十月壬午，振京城饑民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖廣田賦。戊子，貴州宣慰使安疆臣有罪，詔討賊自贖。十一月己酉，免河南被災田租。癸酉，振畿輔及鳳陽等處饑。十二月丁醜，武昌、漢陽民變，擊傷稅使陳奉。戊子，振京師就食流民。是年，琉球入貢。
二十八年春二月戊寅，京師地震。丙戌，李化龍帥師分八路進討播州。夏六月丁醜，克海龍囤，楊應龍自縊死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈慶宮成。丙子，罷朝鮮戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯遼東，副總兵解生等敗沒。冬十月辛未，貴州皮林苗叛，總兵官陳璘討之。丙子，雲南稅監楊榮開采阿瓦、孟密寶井。十二月乙未，禦午門，受播州俘。是年，兩畿各省災傷，民饑盜起，內外群臣交章請罷礦稅諸監，皆不聽。大西洋利瑪竇進方物。
二十九年春正月壬子，以播州平，詔天下，蠲四川、貴州、湖廣、雲南加派田租逋賦，除官民詿誤罪。是月，皮林苗賊平。二月甲戌，振大同、宣府饑。三月乙卯，賜張以誠等進士及第、出身有差。是月，武昌民變，殺稅監陳奉參隨六人，焚巡撫公署。夏四月乙酉，征陳奉還，以守備承天中官杜茂代之。五月，蘇州民變，殺織造中官孫隆參隨數人。六月，京師自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山東、山西、河南皆大旱。丁亥，法司請熱審，不報。是夏，振畿內饑。秋九月壬寅，河決開封、歸德。丁未，趙誌皋卒。癸醜，振貴州饑。戊午，前禮部尚書沈鯉、朱賡並兼東閣大學士，預機務。冬十月己卯，立皇長子常洛為皇太子，封諸子常洵福王，常浩瑞王，常潤惠王，常瀛桂王。詔赦天下。壬辰，加上慈聖皇太後尊號。十二月辛未，詔複朵顏馬市。是年，琉球入貢。
三十年春正月己未，以四方災異敕修省。二月己卯，不豫，召大學士沈一貫於啟祥宮，命罷礦稅，停織造，釋逮擊，複建言諸臣職。翼日，疾瘳，寢前詔。
甲申，重建乾清、坤寧宮。閏月丙申，複河套諸部貢市。戊午，河州黃河竭。三月甲申，騰越民變，殺稅監委官。夏四月辛醜，振順天、永平饑。五月乙亥，法司請熱審，不報。秋七月辛巳，邊餉缺，命嚴催積逋。是月，緬賊陷蠻莫宣撫司，宣撫思正奔騰越，賊追至，有司殺正以謝賊，始解。冬十月戊戌，振江北災。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入貢。
三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守闕員，不報。是月，播州餘賊吳洪等作亂，有司討平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，閣臣請熱審，不報。
戊寅，京師地震。鳳陽大雨雹，毀皇陵殿脊。是夏，河決蘇家莊，北浸豐、沛、魚台、單縣。秋九月甲子，江北盜起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州賊楊思敬作亂，有司討擒之。十一月甲子，獲妖書，言帝欲易太子，詔五城大索。十二月丙戌，召見皇太子於啟祥宮，賜手敕慰諭。
三十二年春二月壬寅，閣臣請補司道郡守及遣巡方禦史，不報。三月甲子，乾清宮成。乙醜，賜楊守勤等進士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。
是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚長陵明樓。六月丙戌，以陵災，命補闕官恤刑獄。丁酉，昌平大水，壞長、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京師大雨，壞城垣。辛酉，振被水居民。八月辛醜，群臣伏文華門，疏請修舉實政，降旨切責。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饑。閏月辛醜，武昌宗人蘊鉁等作亂，殺巡撫都禦史趙可懷。冬十月甲寅，始敘平播州功。
是年，琉球、烏斯藏入貢。
三十三年春正月，重修京師外城。庚辰，銀定、歹成犯鎮番，總兵官達雲擊敗之。夏四月辛亥，蘊鉁等伏誅。五月丙申，鳳陽大風雨，毀陵殿神座。庚子，雷擊圜丘望燈高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿災。丙申，京師地震。
冬十一月辛巳，免淮陽被災田租。十二月壬寅，詔罷天下開礦。以稅務歸有司，歲輸所入之半於內府，半戶、工二部。丙午，免河南被災田租。乙卯，以皇長孫生，詔赦天下。開宗室科舉入仕例。罷采廣東珠池、雲南寶井。
三十四年春二月庚戌，加上皇太後徽號。辛亥，大學士沈鯉、朱賡請補六部大僚，不報。三月己卯，雲南人殺稅監楊榮，焚其屍。丁酉，真定、順德、廣平、大名災，蠲振有差。夏四月癸亥，浚朱旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延綏，官軍擊走之。六月癸卯，緬甸陷木邦。是月，畿內大蝗。秋七月癸未，沈一貫、沈鯉致仕。九月甲午，詔陝西嚴敕邊備。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵顏入犯，總兵官薑顯謨禦卻之。十二月壬子，南京妖賊劉天緒謀反，事覺伏誅。是年，安南、琉球入貢。蒙古喀爾喀諸部悉歸我大清。
三十五年春正月辛未，給事中翁憲祥言，撫、按官解任宜候命，不宜聽其自去，不報。二月戊戌，安南賊武德成犯雲南，總兵官沐睿禦卻之。三月辛巳，賜黃士俊等進士及第、出身有差。夏四月戊戌，銀定、歹成犯涼州，副總兵柴國柱擊走之。壬子，順義王撦力克卒。五月戊子，前禮部尚書於慎行及禮部侍郎李廷機、南京吏部侍郎葉向高並禮部尚書兼東閣大學士，預機務。六月，湖廣及徽、寧、太平、嚴州大水。閏月辛巳，複河套諸部貢市。秋七月庚子，京師久雨。刑部請發熱審疏，不報。八月丙寅，振畿內饑。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山東旱饑，蠲振有差。十一月壬子，於慎行卒。十二月，金沙江蠻阿克叛，陷武定，攻圍雲南，別陷嵩明、祿豐。安南賊犯欽州。是年，琉球入貢。
三十六年春正月，河南、江北饑。二月戊辰，京師地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京師地震。郴州礦賊起。八月癸亥，治雲南失事諸臣罪，巡撫都禦史陳用賓、總兵官沐睿下獄，論死。庚辰，振南畿及嘉興、湖州饑。九月甲午，四川巡撫都禦史喬璧星奏擒阿克於東川，賊平。冬十一月壬子，朱賡卒。
十二月戊午，再振南畿，免稅糧。是年，琉球入貢。
三十七年春三月辛卯，拱兔陷大勝堡，遊擊於守誌戰於小淩河，敗績。己酉，大學士葉向高請發群臣相攻諸疏，公論是非，以肅人心，不報。夏四月，倭寇溫州。秋九月癸卯，左都禦史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖廣、四川、河南、陝西、山西旱。畿內、山東、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿內、山東諸省稅銀三分之一振饑民。徐州賊殺如皋知縣張藩。是年，日本入琉球，執其國王尚寧。哈密入貢。
三十八年春三月癸巳，賜韓敬等進士及第、出身有差。夏四月丁醜，正陽門樓災。辛卯，以旱災異常，諭群臣各修職業，勿彼此攻訐。辛醜，振畿內、山東、山西、河南、陝西、福建、四川饑。五月，河南賊陳自管等作亂，有司討擒之。
冬十月辛醜，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以軍乏餉，諭廷臣陳足國長策，不得請發內帑。是年，烏斯藏入貢。
三十九年春二月庚子，河套部敵犯甘州之紅崖、青湖，官軍禦卻之。夏四月，京師旱。戊子，怡神殿災。丙申，設邊鎮常平倉。五月壬寅，禦史徐兆魁疏劾東林講學諸人陰持計典，自是諸臣益相攻擊。廣西、廣東大水。六月，自徐州北至京師大水。是夏，停熱審。冬十月丁卯，戶部尚書趙世卿拜疏自去。甲申，停刑。
閣臣請釋輕犯，不報。是年，暹羅入貢。
四十年春二月癸未，吏部尚書孫丕揚拜疏自去。三月丙午，振京師流民。夏四月丙寅，南京各道禦史言：“台省空虛，諸務廢墮，上深居二十餘年，未嚐一接見大臣，天下將有陸沈之憂。”不報。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河決徐州。九月庚戌，李廷機拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚寧遣使報歸國。
四十一年春正月庚申，諭朝鮮練兵防倭。三月癸酉，賜周延儒等進士及第、出身有差。夏五月己巳，諭吏部都察院：“年來議論混淆，朝廷優容不問，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚傷國體。自今仍有結黨亂政者，罪不宥。”
六月乙未，卜失兔襲封順義王。秋七月甲子，兵部尚書掌都察院事孫瑋拜疏自去。
九月壬申，吏部左侍郎方從哲、前吏部左侍郎吳道南並禮部尚書兼東閣大學士，預機務。庚辰，吏部尚書趙煥拜疏自去。是年，兩畿、山東、江西、河南、廣西、湖廣、遼東大水。烏斯藏入貢。
四十二年春正月乙醜，總兵官劉綎討建昌叛蠻，平之。二月辛卯，慈聖皇太後崩。己酉，振畿內饑。三月丙子，福王之國。夏四月丙戌，以皇太後遺命赦天下。六月甲午，葬孝定皇後。秋八月甲午，禮部右侍郎孫慎行拜疏自去。癸卯，葉向高致仕。是年，安南、土魯番入貢。
四十三年春正月乙醜，徐州決河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，薊州男子張差持梃入慈慶宮，擊傷守門內侍，下獄。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言張差獄情，梃擊之案自是起。己巳，嚴皇城門禁。癸酉，召見廷臣於慈寧宮。
禦史劉光複下獄。甲戌，張差伏誅。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿內饑。甲戌，停刑。閏八月庚戌，重建三殿。丁巳，山東大旱，詔留稅銀振之。
丁卯，河套諸部犯延綏，官軍禦之，敗績，副將孫弘謨被執。冬十月辛酉，京師地震。十一月戊寅，振京師饑民。
四十四年春三月辛未朔，日有食之。乙酉，賜錢上升等進士及第、出身有差。
是春，畿內、山東、河南、淮、徐大饑，蠲振有差。夏四月戊午，河南盜起，諭有司撫剿。六月壬寅，河套諸部犯延綏，總兵官杜文煥禦卻之。丁卯，河決祥符朱家口，浸陳、杞、睢、柘諸州縣。秋七月乙未，河套部長吉能犯高家堡，參將王國興敗沒。是月，陝西旱，江西、廣東水，河南、淮、揚、常、鎮蝗，山東盜賊大起。冬十月丁未，停刑。十一月己巳，隆德殿災。
四十五年春二月戊午，以去冬無雪，入春不雨，敕修省。三月辛未，鎮撫司缺官，獄囚久係多死，大學士方從哲等以請，不報。乙亥，振江西饑。夏五月丙子，久旱，再諭修省。六月丙申，畿南大饑，有司請振，不報。是月，閣臣法司請熱審，不報。秋七月癸亥朔，日有食之。丁卯，吳道南以憂去。是年，兩畿、河南、山東、山西、陝西、江西、湖廣、福建、廣東災。暹羅、烏斯藏入貢。
四十六年春二月乙巳，振廣東饑。夏四月甲辰，大清兵克撫順城，千總王命印死之。庚戌，總兵官張承胤帥師援撫順，敗沒。閏月庚申，楊鎬為兵部左侍郎兼右僉都禦史，經略遼東。六月壬午，京師地震。是夏，有司請熱審，不報。秋七月丙午，大清兵克清河堡，守將鄒儲賢、張旆死之。八月壬申，海運餉遼東。
庚辰，乃蠻等七部款塞。辛巳，停刑。九月壬辰，遼師乏餉，有司請發各省稅銀，不報。辛亥，加天下田賦。乙卯，京師地震。冬十一月甲午，以災異敕修省。十二月丁巳，河套部長猛克什力來降。是年，土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏入貢。
四十七年春二月乙醜，經略楊鎬誓師於遼陽，總兵官李如柏、杜鬆、劉綎、馬林分道出塞。三月甲早，杜鬆遇大清兵於吉林崖，戰死。乙酉，馬林兵敗於飛芬山，兵備僉事潘宗顏戰死。庚寅，劉綎兵深入阿布達裏岡，戰死。辛醜，賜莊際昌等進士及第、出身有差。夏四月癸酉，盔甲廠災。六月丁卯，大清兵克開原，馬林敗沒。癸酉，大理寺丞熊廷弼為兵部右侍郎兼右僉都禦史，經略遼東。
甲戌，廷臣伏文華門，請發章奏及增兵發餉，不報。秋八月乙卯，山東蝗。癸亥，逮楊鎬。九月庚辰，停刑。戊子，百官伏闕，請視朝行政，不報。冬十月丁巳，振京師饑民。十二月，再加天下田賦。辛未，鎮江、寬奠、靉陽新募援兵潰。是年，暹羅入貢。
四十八年春正月庚子，朝鮮乞援。三月庚寅，複加天下田賦。夏四月癸醜，皇後王氏崩。戊午，帝不豫，召見方從哲於弘德殿。秋七月壬辰，大漸，召英國公張惟賢，大學士方從哲，尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克纘，侍郎孫如遊於弘德殿，勉諸臣勤職。丙申，崩，年五十有八。遺詔罷一切榷稅並新增織造諸項。九月甲申，上尊諡，廟號神宗，葬定陵。