○在京
留守右衛 虎賁右衛 武德衛（俱南京舊衛，永樂十八年分調）
○在外
△直隸
宣州衛（舊無，後設）
△陝西都司（舊有階州衛、沙州衛、靈山千戶所，後俱革。）西安右護衛（舊泰山衛改）西安左衛 西安前衛 西安後衛 延安衛 漢中衛 平涼衛 綏德衛 寧夏衛 慶陽衛 鞏昌衛 臨洮衛 蘭州衛 秦州衛
岷州衛舊軍民指揮使司，嘉靖二十四年添設岷州，四十年革，（後存衛）河州衛（舊軍民指揮使司）洮州衛 寧夏中護衛 甘州中護衛 安東中護衛 寧夏前衛（已下各衛舊無，後設）寧夏中衛 寧夏中屯衛（舊和州衛）寧夏左屯衛 寧夏右屯衛 寧羌衛 靖虜衛 固原衛 榆林衛 寧夏後衛（以花馬池千戶所改）興安千戶所（舊金州千戶所，萬曆十年改）鳳翔千戶所禮店前千戶所（以下各所舊設）沔縣千戶所 環縣千萬所 文縣千戶所 階州千戶所（舊屬秦州衛，嘉靖二十二年改屬都司）靈州千戶所 西安千戶所 西固城千戶所，歸德千所 鎮羌千戶所 安邊千戶所 平虜千戶所 興武營千戶所 鎮戎千戶所 寧夏平虜千戶所 秦府儀衛 司慶府儀衛 司肅府儀衛 司韓府儀衛 司寧夏群牧所 安東群牧所 甘州群牧所
△陝西行都司（洪武十二年添設）
甘州左衛 甘州右衛 甘州中衛 甘州前衛 甘州後衛（已上陝西甘肅衛分設）永昌衛 涼州衛 莊浪衛 西寧衛 山丹衛（已上舊屬陝西都司）肅州衛 鎮番衛 鎮夷千戶所 古浪千戶所 高台千戶所
△四川都司（舊有浦江關軍民千戶所，後革）
成都左護衛 成都右衛 成都中衛 成都前衛 成都後衛 寧川衛 茂州衛 重慶衛 敘南衛 瀘州衛 利州衛（舊無，後設）鬆潘衛（舊為軍民指揮使司，後改）青川千戶所 保寧千戶所 威州千戶所 雅州千戶所 大渡河千戶所 廣安千戶所 灌縣千戶所（已下各所後設）黔江千戶所疊溪千戶所 建武千戶所 小河千戶所 蜀府儀衛 司壽府儀衛 司（革）壽府群牧所（革）
△土官
天全六番招討使司（屬都司）隴木頭長官司靜州長官司嶽希蓬長官司（已上屬茂州衛）石砫宣撫司西陽宣撫司（已上屬重慶衛）石耶洞長官司邑梅洞長官司（已上屬酉陽宣撫司）占藏先結簇長官司蠟匝簇長官司白馬路簇長官司發山洞簇長官司阿昔洞簇長官司北定簇長官司麥匝簇長官司者多簇長官司牟力簇長官司班班簇長官司祈命簇長官司勒都簇長官司包藏簇長官司阿思簇長官司思曩兒簇長官司阿用簇長官司潘斡寨長官司八郎安撫司阿角寨安撫司麻兒匝安撫司芒兒者安撫司（已上俱屬鬆潘衛）疊溪長官司鬱即長官司（已上屬疊溪千戶所）
△四川行都司（舊無，後設。舊有建昌前衛，後革）
建昌衛（舊屬四川都司）寧番衛（舊為蘇州衛，屬四川都司已下添設）會川衛 鹽井衛 越巂衛 禮州後千戶所 禮州中中千戶所 建昌打衝河中前千戶所 德昌千戶所 迷易千戶所 鹽井打衝河中左千戶所 冕山橋後千戶所 鎮西後千戶所
△土官
昌州長官司威龍長官司普濟長官司（俱屬建昌衛）馬喇長官司（屬鹽井衛）邛部長官司（屬越巂衛）
△廣西都司
桂林右衛 桂林中衛 南寧衛 柳州衛 馴象衛 南丹衛（已下添設）慶遠衛 潯州衛 奉議衛 廣西護衛 梧州千戶所 懷集千戶所 武緣千戶所 古田千戶所 貴縣千戶所 賀縣千戶所 全州千戶所 太平千戶所 象州千戶所 平樂千戶所 鬱林千戶所 賓州千戶所 來賓千戶所 富川千戶所 容縣千戶所 融縣千戶所 灌陽千戶所 河池千戶所 武宣千戶所 向武千戶所 五屯々田千戶所 遷江屯田千戶所 靖江府儀衛司
△雲南都司（舊有鶴慶、通海二千戶所，革）
雲南左衛 雲南右衛 雲南前衛 大理衛 楚雄衛 臨安衛 景東衛 曲靖衛 洱海衛 永昌衛（舊為金齒軍民指揮使司）蒙化衛 平夷衛 趙州衛 六涼衛 雲南中衛 雲南後衛（已下後設）廣南衛 大羅衛 瀾滄衛（以瀾滄軍民指揮使司改）騰衝衛（以騰衝軍民指揮使司改）安寧千戶所 宜良千戶所 易門千戶所 楊林堡千戶所 十八寨千戶所 通海前前千戶所 通海右右千戶所 定遠千戶所 馬隆千戶所 姚安千戶所 姚安中屯千戶所 武定千戶所 木密關千戶所 鎮安千戶所（舊為金齒千戶所，萬曆十三年改，駐守猛淋）鎮姚千戶所 （舊為永昌千戶所，萬曆十三年改，駐守老姚關）永平前前千戶所 永平後後千戶所 騰衝千戶所 新安千戶所 鳳梧千戶所
△土官
茶山長官司潞江安撫司鳳溪長官司施甸長官司鎮道安撫司楊塘安撫司（俱屬永昌衛）蠻莫安撫司猛臉長官司猛養長官司（俱萬曆十三年改設）△貴州都司（舊有層台、重安二千戶所，俱革。舊有平伐長官司，後隸貴陽府。舊有平浪、九名九姓獨山州二長官司，後隸都勻府。）
貴州衛 永寧衛 普定衛 平越衛 烏撒衛 普安衛 赤水衛 威清衛 興隆衛 新添衛 清平衛 平壩衛 安莊衛 龍裏衛 安南衛 都勻衛 畢節衛 貴州前衛 舊無，後設）黃平千戶所 普市千戶所 重安千戶所 安龍千戶所 白撒千戶所 摩泥千戶所 關索嶺千戶所 阿落密千戶所 平夷千戶所 安南千戶所 樂民千戶所 七星關千戶所
△土官
新添長官司小平伐長官司把平寨長官司丹平長官司丹行長官司（已上屬新添衛）楊義長官司（屬平越衛）大平伐長官司（屬龍裏衛）