清同治元年，就是1862年，胡雪岩獲得新任閩浙總督左宗棠的信賴，被委任為總管，主持杭州城解圍後的善後事宜及浙江全省的錢糧、軍餉，使阜康錢莊大獲其利，也由此走上官商之路。
胡雪岩經常以亦官亦商的身份往來於上海、寧波等洋人庫集的通商口岸。他除了經辦糧台轉運、接濟軍需物資之外，還利用與作人打交道的機會，為左宗棠勾結法籍寧波海關稅務司日意格、法國駐寧波的軍官德克碑和法國駐寧波艦隊司令勒伯勒東，要他們募集士兵約千人，由法國軍官訓練，用洋槍洋炮裝備，組成"常捷軍"，這支中法混合的雇傭軍人數最多時達3000人，曾與清軍聯合進攻寧波、餘姚、奉化、上虞、紹興、富陽等地。
1863年3月，就是同治二年，左宗棠已授閩浙總督，因新任浙江巡撫曾國奎（1824至1890年，湖南湘鄉人）尚未到任，左仍兼浙撫，負責規閩軍務。9月下旬至12月中旬近三個月時間內，他指揮清軍和"常捷軍"與太平軍在餘杭一杭州一線多次作戰。
1863年12月17日至1864年2月15日，就是同治二年十一月初七日至同治三年正月初八日，隨著太平軍在長江下遊的重要城市蘇州失守，毗鄰江蘇的嘉興府所屬的平湖、乍浦、海鹽、潤浦、嘉善、海寧和桐鄉等地的太平軍守將紛紛投敵，杭州因周圍防線逐步瓦解而成為一座孤城。
1864年4月1日清晨，就是同治三年二月二十五日，左宗棠軍隊在德克碑"常捷軍"的洋槍洋炮掩護下，攻破了杭州城。7日，左進駐杭州。清廷因左軍攻下杭州，特加左宗棠以太子少保銜，並賞穿黃馬褂。為左宗棠綜理糧台的胡雪岩也在錦還鄉了。
連年戰爭使浙江滿目瘡反，左宗棠1863年（同治二年）在《瀝陳浙省殘黎困敝情形片衝就指出："再浙江此次之變，人物比耗，田上荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕。......殘黎喘息僅屬者，晝則緣伏荒畦廢圃之間，擷野菜為一食，夜則偎枕頹垣殘留之下，就土坎以眠。音時溫飽之家，大半均成餓事。憂愁至極，並其樂生哀死之念而亦無之。有骨肉死亡在側，相視漠然不動其心者。"那情景真夠慘的。
為收拾殘局，左宗棠在入駐杭州後，選派官員士紳設立賑撫局，收養難民，掩埋屍骼，井招商開市"。胡雪岩是左宗棠處理善後所借重的人物，他經理賑撫局務，設立粥廠、難民局、善堂、義塾、醫局，修複名勝寺院，整治崎嶇不平的道路，立掩埋局，收斂城鄉暴骸數十萬具，分葬於嶽王廟左裏許及淨慈寺右數十大家。
胡雪岩還恢複因戰亂而一度中止的"牛車"。牛車是過水沙而設的一種交通工具。從前，錢塘江水深沙少，船隻幾乎可以直達蕭山西興。後來，東岸江水漲漫，形成數裏水沙，每當潮至，沙土沒水，潮退後卻又阻淤泥。貧家婦女沒錢雇轎，隻好艱難地邁著小步在泥沙中踉蹌而行，時常還有陷踝沒頂之患。此時，胡雪岩恢複井捐設牛車，迎送旅客於潮沼之中，大大便利了百姓。
為了緩解戰後財政危機，胡雪岩向官紳大戶"勸捐"，如，他曾向段光清勸捐10萬兩，段推三阻四，結果隻損一萬。段光清的《鏡湖自撰年譜》還舉了紹興富戶張廣川的例子，說胡雪岩指使在太平軍攻陷紹興時死去的署紹興知府廖子成的侄子在湖南遞稟，告發廖子成之死是因為張廣州集亂民盼害所致。結果，京城來了諭旨，著浙江巡撫查問。
行文傳到在上海做生意的張廣川處，嚇得他挽人求情，寧願捐洋10萬元，這才獲免。段光清在文後歎道："胡光塔之遇事傾人，真可畏哉！"
張廣州被罰捐是否冤枉、無佐證而無從考釋，然而當時為富不仁的富商豪紳確也不少。在1862年，就是同治元年，左宗棠在一次上疏中就指責浙江富紳楊坊、俞斌、毛象賢等十數人"身擁厚資，坐視邦族奇荒，並無拯鯽之意，且有乘機賤置產業以自肥者。"
胡雪岩罰捐，鋒芒畢露，少不得要得罪這樣一批人，幸得左宗棠明白其中難處，1864年，就是同治三年，胡雪岩具稟杭嘉湖捐務情形後，左宗棠對捐務有起色頗感欣慰，並在批劄中寫道："罰捐二字，亦須斟酌，如果罪情重大實無可原者，雖黃金十萬，安能贖其一命乎！"這對不法富商無疑是當頭棒喝，相信他們聽了這樣的話自個兒心中也會掂量，與其坐罪犯法，不如多捐錢財，大事化小、小事化了。
除了上述事務，入城後的胡雪岩仍代理藩庫，各地解省銀兩非胡雪岩經手，省局不收。高陽先生就此事在《紅頂商人》一書中這樣寫道：
"胡雪岩放低了聲音說："我為什麽要代理藩庫？為的是要做牌子。阜康是金字招牌，固然不錯；可是隻有老杭州才曉得。現在我要吸收一批新的存戶，非要另外想個號召的辦法不可。代理藩庫，就是最好的號召，浙江全省的公款，都信托得過我，還有啥靠不住的？"
以胡雪岩之口，剖析其樂於代理想庫的原委，雖是文學語言，卻也基本符合史實，而且入木三分。
牌子做出來了，生意自然源源而來。清軍攻取浙江後，大小軍官將掠得的財物，從數十到十數萬兩不等，存人胡雪岩的錢莊，胡雪岩借此從事貿易，設商號於各市鎮，每年獲利數倍，不過幾年，家資已逾千萬。
我國是四大文明古國之一，在相當長時期內走在世界文明的前列，加上自然經濟使中國"無所不有，原不籍外夷貨物以通有無"，這使封建統治者養成妄自尊大的心理，把外國巴稱為"夷"，稱外國人為"夷人"。
然而，跨人19世紀以後，中西方文化差距越來越大。西方資本主義國家經過工業革命國勢日強，而中國處於封建末世，可悲的是統治者仍昧於時勢，沉緬於"天朝上國"的美夢。隻是經過兩次鴉片戰爭的創痛，麵對數千年來未曾有過的變局，才開始明白傲慢不足拒堅船，清議不能抗利炮。
林則徐"最早睜眼看世界"，魏源提出"師夷之長技以製夷"，第二次鴉片戰爭後，李鴻章（1823至1901年，安或合肥人）等識時務實的大吏率先用"洋"代替"夷"，預示著中國人對世界大勢的認識正發生根本變化，傳統的"夷夏"之辯為對等的華洋之稱所取代。
伴隨著民族危機的加深和振邦興國運動的展開，效法歐美以振衰起敝、救亡圖存，日漸成為近代中國曆史的主題。
19世紀，清統治者中一部分中央和地方的官僚倡導學習和引進西方先進科技、文化，從軍事、政治、經濟、文教乃至外交各個領域開啟中國的近代化進程，舊時稱這段史事為"同光新政"，後被曆史學家命名為"洋務運動"。
與胡雪岩關係密切的左宗棠在道光末年就讀過魏源所著，介紹世界曆史、地理、政治、宗教和科技的《海國圖誌），對魏源"師夷之長技以製夷"的主張推崇備至。在以後的仕宦生涯中，他了解到泰西棄虛務實、製作精妙，就更加迫切地希望把魏源的主張付諸實踐，他曾呼籲："中士智慧豈遜西人，如果留心仿造，自然愈推愈精。......意十年以後，彼人所恃以傲我者，我亦有以應之矣。"內中透露出學習西方、自強禦侮的熱望。
早在率所部與"常捷軍"在浙江配合鎮壓太平軍的過程中，左宗棠就已深深體會到一輪舟為海戰利器一，1864年，就是同治三年，他引法國將領德克碑、日意格考求西方機器製造，仿造小火輪，在西湖試行，這是他辦洋務的前奏。
然而，他正式辦洋務是在擔任閩浙總督以後以及陝甘總督任內。雖然，那時的左宗棠為了對付太平軍餘部和撚軍、解除西北邊患，忙於征戰，受客觀條件限製，其洋務事業的影響沒有李鴻章那麽大，但是因為有著自己的特色，還是具有代表性。
辦洋務在當時的中國是非常之舉，急需諳通華洋事務的人才，左宗棠少不得又要借重以幫助他鎮壓太平軍起家，與洋人有來往而又辦事精幹的胡雪岩了。