原來，當時吳之榮上北京控告朱、莊兩家，本來隻是因為勒索不成，反而受辱，內心激憤所致，與其餘參與修訂、作序之人無涉，更何況他和同樣參與作序的李令皙的關係還不錯，哪裏會讓自己的朋友受到牽連？於是，吳在向刑部檢舉時，已經將書中記載序文和參與修訂者名字的幾頁撕毀。這樣，這些參與者還有蒙混過去的可能。但是，趙君宋那部原刊本的《明史輯略》一出，證據俱在，就無可挽回了。
覆巢之下竟得脫
康熙二年（1663）正月二十日清晨，湖州城關閉城門，文武官員率領八旗兵丁數百人，按照書中姓名，到各家去捉拿那些參與者。凡是涉及到的人，其家中的大小人口，包括奴婢在內，都被抓獲。僅在李令皙家就抓了一百多人，因為正值正月新年，有人到李家拜年，這些毫無關係的人也沒能幸免。
在審訊朱佑明的時候，朱佑明極力辯白那個所謂的"朱史氏"並不是自己，並説"朱史氏"下麵的"即朱佑明"字樣，乃是吳之榮假刻上去的。負責審理此案的官員叫吳之榮來對質，吳之榮倒也冷靜，他説："書上張張都印有"清美堂"字樣，而今這匾額就掛在朱佑明家裏！"朱佑明無言以對，因為書中的"清美堂"字樣，確實是他自己想光耀門庭而要求刻上的，沒想到竟成了禍患。
接下來就是審理和處罰。根據有關的記載，康熙二年（1663）五月，刑部將此案上報皇帝，詢問處理意見。當時輔佐康熙皇帝的四位大臣以此書誹謗本朝，以小皇帝的名義命令將莊、朱兩家和參與編定的人以及那些人的父親、兄弟子侄凡年紀在15歲以上的七十多個人全部處死。其中，僅淩遲處死的就有18個。而這些人的妻子、姬妾和他們不滿15歲的孩子一共幾百人全部給功臣家為奴。莊廷鑨早在案發前已經去世，對他的處罰方式是開棺碎屍，墓前的牌坊被搗毀。為了徹底打擊那些對清朝統治尚存不滿、還留戀著明朝的江南士人，當時采取的措施是凡是這本《明史輯略》中提到的人和他們的親戚朋友，全部鋃鐺入獄，同時連那些僅僅是為此書刻板、校對、印刷的人也不放過，甚至連買書、看書、收藏的人也被抓獲。
就在這麽多相關人員都受到牽連被處死的時候，查繼佐、範驤和陸圻三個首告有功的人也被抓了起來。其中原因，大約是當時清廷在連續地對付江南士子的行動中，已經有點草木皆兵，連這三個有功之人也不放過。但是關於這幾個人為什麽後來在那麽多人都因此而被處死或流放的情況下反而被赦免，曆來的説法很多。
其中流傳最廣、影響最大的莫過於"吳六奇的營救".
這個吳六奇，據説是20年前潦倒的時候曾受過查繼佐的接濟。後來投奔了當時赫赫有名、權勢衝天的平南王，成了他手下的廣東提督。吳六奇借用平南王的權勢，再加上自己的上下打點，很快就有命令叫這三人回浙江候審。沒過多久，就有旨意説這三個人雖然沒有吳之榮檢舉堅決，但是也是有功之人，不僅無罪釋放，反而分得了朱、莊兩家的一半財產。